2014 yapımı Godzilla'nın devamı niteliğinde olan filmde, kripto-zoolojik bir kuruluş olan Monarch dünyanın çeşitli yerlerinde buldukları kadim yaratıkları izlemeye devam etmektedir. Ancak hükümetler 2014 yılında ki olaydan sonra bu kadim yaratıkların tamamen yok edilmesini istemektedir. Efsane oldukları düşünülen bu kadim süper türler bir anda tekrar uyanır ve birbirlerine üstünlük kurmak için Godzilla ile titanlar olarak adlandırılan kadim yaratıklar Mothra, Rodan ve King Ghidorah savaşmaya başlar. Bu savaş insanlığı yok olmanın eşiğine getirecektir.